物語は一年戦争中に起こり、初代ガンダムの物語と並行します。地球戦線に出征した若き連邦士官スロー・ヤマダは、誤射戦の最中に敵であるジオン軍の女性パイロット、アイナ・サハリンと出会う。互いに善意を持っていたこの二人の若者は、一方、シーロと彼が率いる第08MS小隊という敵対する二つの勢力に属していたため、戦争中に互いに戦い、感情を維持するのに苦労しなければならなかった。メンバーたちも戦い続ける中で徐々に友情と信頼を育んでいきました。