幼い頃から恐怖のスペシャリストとしてのキャリアを楽しみにしていた大きな目のマイク・ホア・シ（声：ビリー・クリスタル）は、ついに念願が叶い、数え切れないほどの伝説が輩出したモンスター大学恐怖カレッジに入学することができた。愉快な外見を持ち、まったく恐怖のオーラを持たないこの小さな怪物にとって、本を噛むことは彼の夢を実現する唯一の方法のようです。対照的に、怖がりな生徒として有名なクラスメイトのサリー・ジェームス・サリバン（声：ジョン・グッドマン）は、当然クラスメイトからの注目の的であり、何も気にしないスワッピングのように振る舞っています。残念なことに、まったく性格の異なるこの二人は、非常に厳格なディーン・ディーン・ディーン・ハーデスクラブ（声：ヘレン・ミレン）の気分を害したため、中間試験で三振を受け、恐怖アカデミーから追放されてしまいました。失敗したくないビッグ・アイズは最初のチャンスをつかみ、同胞団が主催する恐怖のゲームに参加するためのチームを集めた。彼らが勝てば、スカー・アカデミーに戻るチャンスが与えられる。エキスパートが集う闘技場で、ビッグ・アイドとサリーは前例のない試練に直面することになる… 本作はピクサー・アニメーション映画『モンスターズ・インク』の前日譚にあたる。