2044年のニューヨークでは、悪役ラングが邪悪なエイリアン勢力と共謀して地球を破壊しようとした。 多数のエイリアンが謎のポータルから侵入し、街は灰燼に帰した。ティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズは粘り強く抵抗したが、それでも敵の攻撃に敗れ、多くの死傷者を出した。忍者の最も強力な武器である希望を胸に、ティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズは過去の時空に戻り、ポータルを開く鍵を見つけ、ランゲを止め、世界平和を取り戻すことを決意した。レオナルドの弟子ケイシーは、過去の時空で女性記者エイプリル・オニールとのつながりに成功し、ティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズのレオナルド、ミケランジェロ、ラファエロらとも交流を持ち、協力して活動を開始する。世界を救うための作戦。 「私たちの未来は私たち自身の決断だ。」ティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズはランゲに究極の挑戦を開始した。