アニメ史上最強の対決がここに！伝説の大怪盗ルパン三世（CV：栗田貫一）とその仲間、次元大介（CV：小林清志）、石川五ェ門（CV：浪川大輔）は、日本の警察とコナン（CV：高山）に挑戦するために東京にやって来た。怪盗キッド サザン吹き替え）。その後、ルパンは銀行にある希少なチェリーサファイアを盗むと脅す大々的な予告状を送り、そのためにルパン三世国際刑事警察機構（ＩＣＰＯ）の特別捜査官・千形幸一（声：山寺宏一）と、警察署 目暮巡査（声：車鳳林）が代表を務める日本の警察署は協力し、強盗たちを正面から攻撃する決意を固めている。一方、イタリアのアイドル歌手エミリオン・ヴァリディ（入野がフリー吹き替え）もコンサートのため来日したが、殺害を予告する脅迫状も届いた。満員のコンサート会場で、前代未聞の対決が始まる……。