平和の訪れとともに、木ノ葉忍者の里は近代化を目指して進んでいた。高層ビルが立ち並び、巨大スクリーンで映像が流れ、各地を結ぶ路面電車が村内を走っている。忍者の里ではあるが一般人も増え、忍者の生き残りのあり方も徐々に変わってきていた 七代目火影・うずまきナルトの息子である里長・モウリーニョが入学。忍者を育成する「忍者学校」。周囲の生徒達はムルトを「火影の息子」という偏見の目で見ていたが、ムルトは持ち前の破天荒な性格でそんな些細な事も難なく乗り越えてしまう！ムー・リウレンは新たなパートナーと出会い、突然起こる謎の出来事にどう挑むのか？みんなの心に一陣の風のように駆け巡る「うずまきムルト」の物語が今始まる！ ！