エージェント・オースティン（マイク・マイヤーズ演じる）に捕らえられていた「ドクター・イービル」（マイク・マイヤーズ演じる）は脱獄に成功した。今回、ドクター・イービルは、オースティンの父親を誘拐し、オースティン家のすべてを破壊しようとして、タイムマシンに乗って1975年に戻ってより大きな陰謀を計画しました。この計画を知ったオースティンは、1999年の高度に発達した資本社会を捨て、1975年に戻ってドクター・イービルと決闘することになるが、思いがけず当時の若き自分、未知の小人に出会う。オースティンが過去に戻ったとき、彼はドクター・イービルを倒し、父親を救出したいだけでなく、自分自身の心とも向き合わなければなりません。もちろん、意味不明なのに面白いスキルも忘れません。