物語の舞台は現実とは異なる世界。この世界では、すべての人間には守護霊と呼ばれる動物がいます。それらの動物は人間の魂の化身です。ヒロインのレイラ・ベラクアは、イギリスのオックスフォードにあるジョーダン・カレッジで育ちました。行方不明の友人ロジャーを探すためにロンドンへ旅したライラは、次々と行方不明になった子供たちと謎の物質ダストとの関連性を発見する。物語が進むにつれて、彼女はアズリエル卿とマリッサ・コールターに関わる危険な秘密も発見します。