この 2 人の強力な神のような敵対者は、世界の運命がかかっている壮絶な戦いで出会いました。本当の故郷を見つけるために、キングコングとその保護者たちは困難な旅に乗り出しました。彼らと一緒に旅するのは、キングコングと独特で強力なつながりを持つ若い孤児の少女、ジヤです。しかし、その途中で突如、怒り狂うゴジラに遭遇し、世界中で破壊が相次ぐことになる。目に見えない力により二匹の巨獣は大激突し、地核の奥深くに隠された秘密が明らかになった。