10年前、人類はその愚かさのために大きな代償を払いました。危険で致死性の高いサルインフルエンザウイルスが世界中に蔓延し、世界は完全に破壊されました。サンフランシスコに隣接する原始的なジャングルで、シーザー (アンディ サーキス) はオランウータンの仲間たちを率いてのびのびとした王国を築いていましたが、ある日、オランウータンの故郷の静けさが再び人間によって破られてしまいました。旧市街に残った人類はエネルギー危機に直面しており、森の後背地にあるダムの発電所を利用してエネルギーを供給しようとしている。若い科学者マルコム（ジェイソン・クラーク）は、平和的手段でオランウータン部族の信頼と同意を得ようと、集会所のリーダーであるドライヴス（ゲイリー・オールドマン）を説得しようとする。しかし、シーザーの良き盟友コバ（トビー・ケベル）は人間への憎悪を捨てきれず、シーザーの権威に挑戦しようとした。人間とオランウータン、双方が慎重に実験を行っており、戦争は避けられない…