ピーター・パーカー（アンドリュー・ガーフィールド）は幼少期の予期せぬ出来事が原因で両親から引き離されることになった。瞬く間に高校生になったピーターは、偶然父親のブリーフケースを発見し、叔父のベン（マーティン・シーン）から手がかりを得て、父親のパートナーであるカート・コン博士を訪ねるためにオスク社へ出発した。ナス（リス・エヴァンス）。社内で手がかりを探していたピーターは、その帰り道に誤って蜘蛛に噛まれ、体に異変が起きてしまう。コナーズ博士の指導の下、ピーターは自分の身体の並外れた能力、喜びや悲しみを理解、発見し続けましたが、すぐにあらゆる種類の予期せぬ出来事が彼を襲いました。ある日、彼は遠大なスーパーソルジャー、スパイダーマンになるまで。そして街には凶悪なトカゲ男も現れ、ピーターの異常な生活が始まった…。