反逆忍者集団「暁」との抗争が終わったばかりの木ノ葉の里は、異様で不気味な空気に包まれていた。この瞬間、うずまきナルト (声: 竹内順子) は家族に会えない寂しさと無力感に浸っています。ある夜、機嫌が悪かったナルトは、家族と喧嘩したばかりのサクラ（声：中村千絵）が公園でおしゃべりしていると、偶然、謎のマダラ（声：内田直哉）と出会う。突然現れて弟子を二人に使った。めまいの後、ナルトとサクラは、木ノ葉の里はいつもと同じように見えたが、かつて馴染みのあったパートナーの性格が劇的に変わっていることに気づきました。相次ぐ異常事態に二人は苦悩する。さらに信じられないことに、サスケとナルトの両親である波風ミナト（CV：森川智之）とクシナ（CV：篠原恵美）も彼らの前に現れた。マダラの陰謀が徐々に明らかになる…。 本作は岸本斉史原作の劇場版アニメーション第9作目となる。