物語の舞台は遠い未来、凶暴な異獣の猛威に対抗するため、日本政府はその中でも最強の防衛組織「ナイトレイドチーム」を設立した。そして最も強力な武器は組織全体のバックボーンです。しかし、新たに進化した異星獣を前にナイトレイドチームは窮地に陥るが、そこに光の巨人・ウルトラマンネクサスとその能力者・姫矢ジュン（霧島裕介）が現れる。ウルトラマンネクサスが生み出したメタ領域で、ウルトラマンと異獣たちの壮絶な戦いが始まった。 TLTの新メンバー・イッキ・グモン（川久保拓司）は、ウルトラマンネクサスの強大な力を目の当たりにし、ウルトラマンの起源とジュンヒメの謎に満ちた過去に興味を持ち始める。