ヒロインのさくら（木之本桜）と彼氏の小狼（リー・シャオラン）ら同級生たちの小学校卒業から中学校入学までの物語を描く。ある時、さくらは53枚のさくらカードの絵柄が消え、謎の人物が現れて全てのクロウカードが粉々になる夢を見て、その夢から目覚めたさくらは封印の書を開くと、なんとクロウカードが透明になっていた！知世、小狼、エリオと相談しながら、さくらは再び透明カードを集める話に乗り出す。