150年もの間、未知の生命体「幽霊」に支配されてきた戦国時代の日本で、唯一「武士団」がその支配に抗い、戦い続けてきた。武蔵と小次郎も武士に憧れ、いつか最強の武士団を結成することを誓う。しかし、彼らの住む町では幽霊や神は神、武士は異端者として扱われていた。夢を胸に秘めていた武蔵は、ある日、幽霊によって人間が惨殺される現場に遭遇する。小次郎との誓いを取り戻すため、武蔵は強大な幽霊に挑む…！