4月10日。昨日で春休みが終わり、今朝はいわゆる新学期です。可愛い妹に起こされた五河士道は、今日も平凡な一日になると思っていた。エルフと呼ばれる少女と出会うまでは、突然の衝撃とともに街は跡形もなく消えてしまった。隕石の衝突でできたクレーターのような街路の片隅、クレーターの中心に一人の少女が立っていた。あなたも私を殺しに来たのですか？