ルーブル美術館の館長がルーブル美術館で殺害されたが、彼は死ぬ前に苦労して恐ろしいシンボルを残したので、シンボルの専門家ロバート・ラングドン（トム・ハンクス）は警戒した。事件解決の過程で、ラングドンは故人の孫娘ソフィー（オドレイ・トトゥ）と出会い、二人は何度か危険な目に遭いながらも九死に一生を得て、徐々に彼女への愛を育んでいった。事件が進むにつれて、彼らは殺人事件の背後に大きな秘密が隠されていることが徐々に判明し、さらには長年潜伏していた謎の組織、イーシャン僧院が関与していることさえ判明した。ラングドンは地図をたどり、解読されたすべての暗号がレオナルド・ダ・ヴィンチの作品に隠されていることを発見した。最も衝撃的だったのは、ソフィーの人生経験が突然複雑になったことだった。西山の庵は再びこの世に現れることで、どのような目的を達成したいのでしょうか？