遠い宇宙の奥深く、クリプトン星の破壊とともに、スーパーマンの伝説の物語が始まります。クリプトン人のジョー＝エル（ラッセル・クロウが演じる）は、ゾッド将軍（マイケル・シャノンが演じる）の邪悪な計画に抵抗し、生まれたばかりの息子カル＝エルを銀河の反対側の地球に送る危険を冒している。カールはアメリカのカンザス州の小さな町に降り立ち、幸いにもジョナサン・ケント（ケビン・コスナー）とマーサ（ダイアン・レイン）の養子となり、クラークと名付けられた。クラークは子供の頃からユニークな能力や特徴を明らかにしていましたが、これらは彼に驚きと数えきれないほどのトラブルをもたらしました。養父の指導により、クラーク (ヘンリー・カヴィル) は自分の人生経験と使命を徐々に理解していきます。ついにある日、遠い故郷から「同胞」がやって来た。故郷と地球、悪と正義の対極に立つスーパーマンは、大きな選択を迫られようとしていた…。