イナズマジャパンの勝利から10年が経ち、サッカーの影響力は日に日に増し、学校の地位にまで影響を与えるようになった。そのため、勝敗の指示やサッカーの管理を行う組織「五部」が設立された。もう無料ではありません。雷門サッカー部の新入部員である主人公・松風天馬は、かつての自由なサッカーを取り戻すべく、サッカー部に革命を起こす。日本が1位を決定し、実質的に試合結果を操作する大会「ホーリーロード」で、天馬はチームを率いて5部リーグを戦うことになるが……。