信じられないことが起こりました...小さなメアリーは魔法の力を失いました!アース ポニー、ユニコーン、ペガサスはもはや友達ではなく、同じ種族のポニーだけが一緒にいることになります。しかし、理想主義的な若いアースポニーのサニー (ヴァネッサ・ハジェンズが声を担当) は、世界に魔法を取り戻し、かつてないほど団結する方法を見つけようと決意しています。彼女は陽気なユニコーンのイジー（声：キミコ・グレン）と一緒に遠い国へ旅し、そこで魅力的で勇敢なペガサス・ピップ（声：ソフィア・カーソン）とチー・プ（声：レイ・Z・コシュ）、そして地球のポニーのヒッチに出会う。使命感に満ちたフレイム（声：ジェームズ・マースデン）。彼らは任務を遂行する際に多くの困難に遭遇しますが、新しい親友はそれぞれ独自の才能を持っており、それはまさにポニーが魔法を回復し、ポニーが素晴らしい変化をもたらすことができることを証明するために必要なものかもしれません。