18歳の誕生日、ゴーストハンターを目指すスカイテンプルロードは、10年前に亡き父からゴーストアイコンを贈られたが、突然彼の前に異世界から来た見知らぬ男、ビホルダーが現れて彼を見つめた。彼はこれに恋に落ち、幼なじみの恋人である月村あかりとオナリを救おうとして命を落としました。不死者の助けでゴーストドライブ変身を手に入れ、仮面ライダーゴーストとなり、99日という短い命で復活することができた。復活の願いを叶えた「15人の偉人」たちの目と魂を集めるため、世界の命運を左右する戦いに挑む。