物語は、フォッサマグナに眠る太古の化石たちが集まり、巨大な怪物となって東京へ旅立つという設定で展開していきます。人間はそれを天災とみなし、怪物だけが真実に気づき、将来を心配し始める。このままでは世界は滅びてしまいます。この現象を阻止できるのは、伝説のモンスターハンターの血を受け継ぐ埼玉県所沢市の小学生、渡辺兄貴であり、世界を救う勇者とされる少年は旅に出る。モンスターたちとの大冒険。