かつて、雲の中の巨人がスカイ ポッドを頼りに地球にやって来て、大惨事を引き起こし、人間を食い荒らし、際限のない被害をもたらしました。巨人を故郷へ追い返した勇敢で聡明なエリック王のおかげで、巨人の伝説はますます人気となり、広く広まりました。幼い頃から巨人の物語に強く惹かれてきた貧しい家庭の青年ジャック（ニコラス・ホルト）は、馬を買うために街に出たところ、偶然、近衛兵に追われている修道士に出会う。慌てて馬をポッドの僧侶と交換した。夜になると大雨が降り、自分の人生の幸せを他人に譲りたくなかった王女イザベル（演：エレノア・トムリンソン）は混乱に乗じて逃げ出し、雨宿りのためにジャックの家にやって来ます。雨。おしゃべりをしていると、雨に濡れた豆のさやが突然芽を出し、その豆の木は空まで伸びて、家に閉じ込められていたお姫様を雲の中へ運びました。王女を取り戻すため、国王が結成した救助隊に志願したジャックを待っていたのは、おなじみの伝説の巨人だった…。