母親の墓参りの帰り、シンジ（CV：緒方恵美）と葛城ミサト（CV：三石琴乃）は第7の使徒の襲撃を受けるが、瀬戸際で弐号機が圧倒的な力で敵を倒し、シンジもまた。弐号機のリーダー、操縦者・式波・アスカ・ラングレー（CV：宮村優子）と知り合う。寡黙な綾波レイ（声：林原えみ）とは違い、アスカは自信家で少し傲慢なところもあったが、シンジと仲良くしていた頃はよく冗談を言い合っていた。三人はそれぞれ零号機、初号機、二号機を駆り、第八の使徒の猛攻に耐えるが、その過程で、三人の青年男女の心に静かに芽生えた淡い想い。直後、第9、第10の使徒が次々と到着し、シンジ達は生死の過酷な試練に直面する… 本作は、『エヴァンゲリオン』新劇場版4部作の第2弾となる。