レイ・フェレル（トム・クルーズ）は妻と離婚し、息子と娘は母親と暮らしていましたが、彼の遊び心、怠惰、責任無視のせいで、家族は非常にバラバラになってしまいました。エイリアンの侵略という災難により、彼らは親密な関係を再構築することができました。その日、彼の妻は忙しかったので、子供たちの世話をレイに任せなければなりませんでした。空は稲妻と雷鳴で暗くなり、すべてが奇妙に思えました。案の定、道に突然巨大な三本足飛行機が現れ、平和だったこの町に邪悪な火星人がやって来た。人々は四方八方に逃げ、レイ・イェは娘を連れて命がけで逃げ、生死を賭けた冒険を始めました。当局はエイリアン対策に全力を尽くしたが失敗を繰り返し、全世界がパニックに陥った。普段は怠惰な父親が、父性愛の本能によって勇敢で強くなり、子供たちを守ることが父親を支える動機と信念となった。