10年前、世界が滅亡しかけた大災害の最中、衛宮士郎は魔術師・衛宮切嗣に助けられ、彼の養子となる。 10年後、士郎は亡き養父と交わした約束「正義のパートナー」を果たすため、日々魔法の練習を続けていた。ある日、士郎は『聖杯戦争』と呼ばれる魔術師同士の決闘に巻き込まれた。魔法使いは「英霊」と契約を結ぶというルール。勝者はあらゆる願いを叶える聖杯を手に入れることができる、通称「聖杯戦争」。その結果、7人の魔術師と7人の「英霊」が奇跡を起こすために参戦した。 10年前の大災害が『聖杯戦争』によるものであることを知った衛宮士郎は、悲劇を再び起こさないため、その『英霊』セイバーと共にこの満ち足りた『聖杯戦争』に身を投じた。危険と困難の中で。