1年前の夏休みに放送され、多くの視聴者から好評を博した少年野球を題材としたアニメ「MAJOR」。この物語は、プロ野球選手の父親を持つ、野球が大好きな少年、本田五郎の物語です。しかし、球技中の事故で父親の命を落とした5歳の本田五郎は、父親と同じ野球選手になることを決意していた。こうして4年の月日が経ち、吾郎は自分の少年野球チームを結成し、夢は甲子園志 1年後、公式から『甲子園』の第2弾がこの秋に公開されると発表された。物語は第1部終了から7年後、本多五郎が成長した時代が舞台となる。甲子園を目指して本当の旅へ…。