『東京決戦』から一年、ブリタニア人の少年ルルーシュは第11地区（旧日本）で平凡な学生生活を送っていた。しかし、弟のロロとの旅行中にルルーシュは黒の騎士団の残党と遭遇する。再び少女CCと契約を交わし、ルルーシュの前に置かれた埃っぽい記憶。ルルーシュは帝国の王子として、誰もが平等で妹のナナリーが幸せになれる世界を築くため、絶対服従の力「ギアス」を使い、黒の騎士団を率いて帝国に宣戦布告した。仮面をかぶってゼロと名乗っていたが、一年前の『東京決戦』で友人のスザクに敗れ、皇帝によって記憶を消された。今、記憶を取り戻したルルーシュは、帝国の強大な軍事力だけでなく、偽りの兄ロロ、行方不明の妹ナナリー、敵も味方も分からない中華同盟、そしてブラックに立ち向かうことになる。内面に違いがある騎士たち。内外の困難に直面しながら、ルルーシュはギアスの力に呪われた孤独な王の道を歩み始めた。