クローン戦争は3年間続いており、同盟を分裂させたゲルフィット将軍とドゥークー伯爵（クリストファー・リー）が議会首相パルパティーン（イアン・マクダーミド）を乗っ取り、共和国の勝利が目前に迫っていた。ジェダイ騎士オビ＝ワン・ケノービ（演：ユアン・マクレガー）とアナキン（演：ヘイデン・クリステンセン）は長老たちから救出に向かうよう命じられ、アナキンはドゥークーを殺害し、伯爵はパルパティーンを救出したが、ゲルフィット将軍は逃亡した。アナキンは妻のアミダラ（ナタリー・ポートマン）が出産で死ぬ夢を見て、混乱してパルパティーンに頼ったが、パルパティーンはこの機会を利用してアナキンとジェダイの長老たちの間にくさびを打ち込もうとした。アナキンがパルパティーンに近づくにつれて、ジェダイと彼らが守る民主主義に対する陰謀がゆっくりと展開していく。この映画は2006年に第78回アカデミー賞のメイクアップ賞にノミネートされ、グラミー賞の映画やテレビなどのビジュアルメディア部門の最優秀オリジナル音楽賞にもノミネートされました。