世界を襲った大災害「セカンドインパクト」後、世界は廃墟の上に再建された。 14歳の少年・碇シンジは、父・碇ゲントによって第3新東京市に呼び出される。父親が出迎えてくれるかと思いきや、目の前で目にしたのは「使徒」と呼ばれる巨大な生物が軍と銃撃戦を繰り広げていた。危機の中、特務機関ネルフの葛城ミサトがシンジを救出し、碇ゲント率いるネルフ本部へ連行される。しかしシンジを待ち受けていたのは、巨大人型ロボット“エヴァ”を駆り立てて使徒と戦えという父からの冷酷な命令だった。すでに拒否していたシンジは、重傷を負った代役運転手の綾波レイを見て、父の命令に従うことを決意する。こうして、戦闘訓練を受けたことのないシンジは、エヴァ初号機を駆って使徒たちと対峙する準備を整える。世界の運命は14歳の少年に託され、“セカンドインパクト”に隠された“人類完成計画”が動き出したかに見えた。すべての答えを知っていた碇元都は、まるですべてがすでに台本に書かれているかのように、ただ冷静に観察していました。