東京都西部の三分の一を占める学園都市は、人口230万人を超え、その8割以上が学生で構成され、先端技術の発展が著しく、超大国の発展が浸透している。街の隅々まで。超能力レベルがレベル5になった御坂美琴（CV：佐藤利奈）は、初春酉（CV：豊崎愛生）、白井黒子（CV：新井里美）ら仲間たちといつも通りの日常を送りながら、時折情熱を爆発させる。都市のさまざまな陰謀を阻止するために。ある日、現代カード事件の捜査中に長門滝学園の冬神冬介（声：葉山いくみ）と出会い、美琴のDNAを利用して超能力を大量にコピーする「量産型エスパー」計画を知る。不安定な空気が街の片隅に無秩序に広がる… 本作は、鎌池和馬（原作）、冬川基（作画）によるスピンオフ漫画『とある魔術の禁書目録』のTVアニメ第2期。