日本人会社員の岡島緑郎は、東南アジア出張中、海賊に似た運送会社「ブラック・ラグーン」のメンバーに拉致された。秘密を守るため、会社は人質となった岡島を抹殺するために傭兵を送り込むが、岡島は知恵を絞って絶体絶命の窮地を脱する。会社に見捨てられた岡島は、名前も立場も捨て、ロックと名を変え、BLACK LAGOONのメンバーとなった。元軍人の上司ダッチ、整備士のベニー、ダブルガンの異名を持つガンマンのレヴィ、そしてロックが改造魚雷艇ブラック・ラグーンに乗って南の海を疾走する ヒロインは美しきダブルガンナーのレヴィ、いずれも。危険 彼女はどんな仕事でもできる！