物語の舞台は2029年。ウイルスに襲われた日本は混乱に陥り、政府は次第に「GHQ」と呼ばれる暴力組織に支配されていく。そんな激動の環境の中で、平凡な高校生だった桜卍（CV：梶裕貴）は、平凡な日常を過ごしていたが、ある日、「君の前に」に少女・香織（CV：茅野愛衣）が現れる。チーの正体は「葬送協会」の一員で、GHQから日本の自治を取り戻すことを目的に、危険で残酷な戦争を繰り返している。組織のリーダーである弥勉（CV：中村悠一）の導きで組織の一員となり、仲間の四ノ宮あやせ（CV：花澤香菜）やツグミ（CV：竹達彩奈）らと出会う。戦いが激化する中、ジィには不思議な力が宿っているようで、多くの敵の背後にどのような強大な存在が潜んでいるのかは誰にも分からない…。