主人公の山本大介は、幼い頃に飛行機事故で南米のアマゾン川でホームレスになったが、奇跡的に自力で生き延び、森の中で鋼のような肉体を身につけた。しかしその頃、古代インカ文明を利用して世界征服を目論む悪の組織キドは、キドゥに対抗するため、古代インカ文明の継承者であり守護者であるバゴ長老が山本大介に手術を施し、インカを移植した。左腕に秘宝チチリストホイールを装着し、謎の戦士トカゲサイボーグ仮面ライダーアマゾンに変身する。その後、大介は自分の人生経験を知るために日本に戻り、日本に侵入した十面妖率いる奇道組織と対峙する運命を辿ることになる。