「私は普通の人間には興味がありません。もしあなたの中に宇宙人、未来人、異世界人、超能力者がいたら、すぐに来てください！」 冒頭で彼はこう自己紹介した。学校で涼宮ハルヒが衝撃的なスピーチをした。退屈な日常に耐えかねた彼女は、世界を元気にする涼宮ハルヒの団体、通称SOS団を設立した。クラスメイトのキョン、無口な読書少女・長門有希、可愛い先輩・朝比奈みくる、謎の転校生・古泉一樹らを巻き込むが、キョン以外の3人は涼宮ハルヒの知らない大きな個性を持っていた秘密について。