明治維新から12年、日本は新たな時代を迎えました。かつて全能の死刑執行人だった緋村剣心は今では平和主義者となり、東京で仲間たちと平穏な生活を送っている。ある夜、剣心の行きつけのレストランが砲撃を受け、残されたのは「人間処刑」と書かれたメモだけだった――天のために裁きを下す者はいる、そして審判の日は目前に迫っている――。その人物の名は尹雪世。剣心に恨みを持ち、部下を引き連れて復讐しようとする。無数の無実の人々がこの残酷な戦いに巻き込まれるのを目の当たりにし、剣心は最終的に裁判に直面し、過去の償いを見つけることになります。