ピーター・パーカー（トビー・マグワイア）はアメリカの平凡な高校生でしたが、クモ博物館から逃げ出した突然変異のクモに噛まれたことで、ピーターの人生は一変してしまいました。彼は蜘蛛のようになり、指から非常に粘着性の蜘蛛の糸を噴射したり、壁を飛び越えたりするなど、蜘蛛特有の様々な超能力を持った。ピーターはとても興奮して、自分の超能力をお金を稼ぐために使い始めました。しかし、最愛の叔父が自分が放した犯罪者によって殺されたとき、ピーターは自分の超能力を使って犯罪と戦うことを誓う。ピーターの友人ハリーの父親ノーマン（ウィレム・デフォー）はバイオテクノロジー会社のオーナーだが、自分の会社が製造した航空機が軍指導者たちに評価されていないことに悩んでいた。事故により、ノーマンは神経ガスを吸入し、超能力を獲得しました。それが彼自身の邪悪な性質を引き起こし、あらゆる場所で人々を破壊し殺戮するために開発した航空機に乗りました。ピーター率いるスパイダーマンが攻撃を開始！