前作の主人公、モリ・ツドノはFFI世界選手権10年優勝者であり日本代表。その後、翔風天馬学園を経て雷門中学校に入学し、雷門中学校に入学する。しかし、サッカーは色し、あの瀼の热いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていった天马たち。悲劇の始まりの悲劇。あの灮サッカーを取り戻すため、雷门イレブンが雷门サッカー部の監修となった円堂と公に立ち上がる…！