邪神ガタンジェとウルトラマンティガの決戦を経て、人間界は二年の平和を迎えた。この日、入間隊長はGUTS考古学チームとともに南太平洋の古代遺跡ルルエを訪れ、破壊された超古代都市と三邪神の石像、ヒトラー（演：バスロ・ティエンミン）、ダを再び発見した。松田優さん演じるラムと芳本美代子さん演じる女リーダーのガメラ。入間は古代遺跡に触れることに強く反対したが、上層部の決定を一向に変えることができず、結果的に三邪神が復活し、人類は再び危機に直面することとなった。同じ頃、まどかだぐ(長野博)と柳瀬玲奈(吉本多香美)は知り合いで結婚式場に入ろうとしていました。しかし、邪神は手下たちに人間界への攻撃を命じたが、長い間ウルトラマンの力を失っていたダグは、現在の危機の前には無力だった。 3000万年前の人類文明滅亡の遠い記憶が、シン・ダグとウルトラマンティガの神経を苛む……。