リオン (ジャン・レノ演じる) は、他人に雇われた孤独なプロの殺し屋です。ある日、近所の小さな女の子マチルダ（ナタリー・ポートマン）が彼のドアをノックし、殺人を避けるために一緒にいてほしいと頼みました。隣人の家の所有者は警察の麻薬取締チームの情報提供者だったことが判明し、彼は小さな麻薬のパッケージを横領したという理由で家族全員を殺害した警察によって罰せられました。マチルダはライアンに救出され、生き延びてライアンのもとに残りました。リオンは少女に銃の使い方を教え、少女はリオンにフランス語を教え、二人の関係はますます親密になり、仲良くなった。少女は復讐を望んでいたが、代わりにレオンが到着し、少女を救出した。悲しみ、恨み、愛憎が入り混じる善と悪の戦いは徐々に激化し、さらなる衝突は避けられない…。