UC0097年の時代、「ラプラス事変」の紛争終結後、2機のユニコーンガンダムは密かに封印され、ネオ・ジオン残党の「腕章」も分解された。人類が徐々に戦争の影から抜け出し始めたその時、2年間行方不明だったユニコーン3号機「フェニックス」が突如出現し、世界秩序を転覆する力を持って、たちまち地球連邦軍の反撃を開始した。ジオン腕章残党、そしてロード…欧州商工会議所三勢力の競争と宇宙決戦が今始まる…。