魔法が技術として確立して約一世紀。 1995年4月、魔法師を育成する国立魔法大学付属第一高校、通称「魔法科高校」に二人の兄妹が入学した。 彼には魔術師として致命的な欠点があり、達也という弟がいた。 もう一人の優等生の妹、深雪は完璧な魔法使いとして知られています。 2人は恋人と間違われるほど仲が良く、数年前までは愛人と召使いという冷たい関係だと思われていた。 この関係変化の裏にはある出来事があった。 3年前の沖縄、みゆきの忘れられない事件により、彼らの心と運命は大きく変わっていくことになる。