アメリカの繁栄した大都市ニューヨークでは、悪のリーダー・シュレーダー率いるビッグフットギャングが街に大混乱を引き起こし、暴れ回っていた。警備会社のオーナー、エリック・サックス（ウィリアム・フィクトナー）は最新の警備システムを導入し、街の平和を維持することを誓った。チャンネル6の女性記者エイプリル・オニール（ミーガン・フォックス）は、謎の四騎士に倒されるビッグフット一味を誤って撮影してしまうが、二度目の異常事態に遭遇した時、その四騎士が突然変異したブラジル人であることが判明して驚く。カメ：ラファエロ、レオナルド、ミケランジェロ、ドナテロ。 「ティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズ」という名前は、エイプリルの幼少期の記憶を呼び起こします。エイプリルの父親とサックスが生物学的突然変異実験の研究に協力していたときのことです。彼女はサックスにそのニュースを伝えましたが、ティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズとその教師スプリントに会った後、サックスとシュレイダーが街の悪の根源であることに気づきました… この映画は、同名の古典的なコミックを原作としています。