頭の両側に猫耳のような角が生えているエルジ族と呼ばれる女性のミュータント（新人類、超能力者）で、人間を滅ぼす力を持つため、鎌倉沖の孤島に住んでいる。日本の神奈川県市。国立生態学研究所はこれらの少女たちを秘密裏に隔離し、研究した。ある日、研究所で大事故が発生。元々孤立していた二人組の少女ルーシィは、看守たちの不注意により拘束装置を突破され、研究所内の武装看守をも殺害してしまった。惨殺された。狙撃兵は徹甲弾を彼女の頭に向けて撃ちましたが、ルーシーの頭は負傷して出血し、海に落ちましたが、彼女はまだ生き残り、脱出に成功しました。事件の翌日、大学進学のため親戚に助けを求めて鎌倉に出た青年・康太は、幼い頃の遊び仲間の従妹・由香と久しぶりに再会する。私たちは思い出の詰まったビーチへ一緒に旅行し、ルーシーに会いました。ルーシーは頭に怪我をしたため、ニュウの声しか出せなくなり、ニユと名付けられました。ニユは人類滅亡の張本人であるという存在を何も知らなかったので、コウタとユカは彼らが住んでいるメイプル村に連れて行き、一時的に定住することにした。この時、研究所は逃亡したルーシーを追跡するためにSAT（特別急襲部隊）を派遣し、海岸でニユの人格の変化を発見した。当初は任務は成功しかけていたが、ニユがルーシーの人格を回復させたため、敗北により坂東のみが重傷を負い（右腕と目を失う）、同行したチームメンバーは全員死亡した。ルーシィへの復讐を誓い、研究所の科学技術の力で復活した彼は、その後研究所を脱走し、SATと決別して鎌倉に戻り、何としてでもルーシィの行方を捜していた…。