アリス（ミラ・ジョヴォヴィッチ）はアンブレラに復讐するため東京へ戻る。後者は地の底に潜んでおり、ウェスカー（ショーン・ロバーツ）が独善的な安全技術基準を強制している。アリスは立ち入り禁止区域に侵入し、黄龍へ直行した。そしてウェスカーは都市を破壊し、罠にかかった獣との戦いまでした。結局、彼はヘリコプターで脱出する際、アリスに強制され、T細胞に免疫のあるウイルスをアリスに注射し、彼女は超能力を失い、無人のアラスカでしか飛行できなくなりました。地球上には177日間生命の痕跡がありません。しかし、アリスは偶然クレア（アリ・ラーター）を発見してしまう。アルカディアの信号に従い、地獄の街に戻ってきた彼らの光景は衝撃的だった。同じく信号を聞いた生存者たちが彼らを出迎えた。謎の囚人クリス（ウェントワース・ミラー）の協力を得て、彼らはアルカディア船へ向かうが……。