マイケル（アル・パチーノ）はアメリカのマフィア、コルレオーネ・ファミリーのリーダー。マイケルの父ヴィト・アンドリーニ（ロバート・デ・ニーロ演じる）はイタリアのコルレオーネの町で生まれた。 1901年、ヴィトーの父アントニオ、弟ポール、そして母（マリア・カータ演じる）は皆、マフィアのチッチョ一家の手によって死亡した。 9歳のヴィトーは、生計を立てるために海を越えて米国に逃げる以外に選択肢はありませんでした。入国の際、税関職員（リチャード・ワトソン演じる）は彼の名前をヴィトー・コルレオーネとして登録した。 1958年、マイケルは息子アンソニー（ジェームズ・グウナリス演じる）のために初聖体パーティーを開催したが、その夜に暗殺されることを望まなかった。マイケルは偶然逃げ出したが、二人の殺人者は沈黙した。ヴィトーは異国でどうやって生きていくのか？彼が背負った血の抗争は復讐できるのか？マイケルの命を狙うのは誰ですか？殺人犯を黙らせたのは誰だ？