この映画は、スティーブ・マックィーンとダスティン・ホフマン主演の1973年の古典的な脱獄映画のリメイクで、チャーリー・ハナム演じるプロのスリ、ポン引き殺人の罪を着せられ、追放されたヘンリーの物語を描いています。海に囲まれた仏領ギアナの刑務所で服役中、胸に蝶のタトゥーがあったため、仲間の受刑者からは「パピヨン」と呼ばれていた。パピヨンは刑務所に入ったその日から脱獄を計画していましたが、脱獄するには金を使って看守に賄賂を渡し、脱出用のボートを買う必要があったため、服役中の贋作の専門家に目を付けました。ラミ・マレック演じる大富豪でもあったルイは、ドガの安全を確保することで資金援助を得て、二人は同盟を結ぶことになる…。