2010年の秋、WHO職員の小林栄子（檀れい）は鳥インフルエンザ撲滅チームとともにフィリピンへ赴いたが、流行はすぐに抑えられたものの、依然として感染者が密かに流行地域を離れていた。翌年、東京の市立病院で医師・松岡剛（津吹聡）が高熱を出して入院後に容態が悪化、患者が喀血して死亡した。家族や一部の医師も感染により体調を崩しました。同じ頃、郊外の養鶏場で鳥インフルエンザウイルスが検出され、池脇千鶴演じる園主カミ・ソウとその娘の平穏な暮らしが崩れ去った。小林栄子は防疫指導を命じられ、旧知の松岡が助手を務めた。流行は急速に拡大し、死者数は1か月以内に2,000人に達し、政府は直ちに感染地域を封鎖した。海外から返ってきた検査結果が松岡さんの判断を裏付け、ウイルスの発生源が別の場所にある可能性があることを偶然知り、松岡さんは感染源を探すために海外へ行くことを決意した。前例のない疫病の中で、マツオカ、シャオリン、シェン・チャンはそれぞれ、自ら選択した試練に直面することになる。