妹と二人で暮らし、都立来禅高校に通う主人公・五河士道が、平凡な生活を送っていたところ、4月10日の大爆発に遭遇する。美少女・夜刀神燈花は精霊である。エルフは近隣に存在する特別災害指定生命体で、出現すると宇宙地震が発生し、周囲に大災害をもたらす。トーカは30年前に地球に大災害をもたらしたが、彼女が再び現れた時、同じ災害が地球に起こることになる。しかし、平凡に暮らす士道が彼女と付き合うことで地球滅亡を阻止することができ、物語は正式に始まる。