この物語は、自分たちの夢のために、わずか数個の遺伝子でポケモンをコピーできるマシンを開発し、発見した世界最強のポケモンを夢よりも強力な能力を持つマシンにコピーした狂った科学者のグループの物語です。強力なミュウツー。しかし、チャオメンが目を覚ますと、本当の自分を見つけることができず、逃げ出しました。チャオメンの前にロケット団のボスが現れ、自分を失ったチャオメンを甘い言葉で引き寄せようとするが、しばらくするとチャオメンは再び自分に混乱してしまう。チャオメンはそれをコピーした島に戻り、復讐戦を始めることにした。