これは、50年後の未来、世界が「神」に侵食され荒廃した架空の物語。突如現れた怪物「アラガミ」に破壊されバランスを崩す。人類文明の既存兵器がアラガミの「捕食」本能により無力化されたとき、生化学技術企業「フェンリル」はアラガミの細胞を利用し、生物兵器「ゴッドマシン」の開発に成功した。そして同時に特殊部隊「GODEATER」も組織された。それ以来、人類はついにアラガミと戦う力を手に入れた。かくして、究極の知性を追求するアラガミと、種の存続を追求する人類との間で戦争が始まる。滅びの終わりには、神が先に人間になるのか、それとも人間が先に神になるのか。競争が始まります。 GODEATERの使命は、地下生活圏に迫るアラガミを撃退し、アラガミのコアと素材を持ち帰ること。この文脈では、プレイヤーは神聖な機械の役割を果たし、毎日死と対峙し始めます。